Movable Type for iOS を iOS9 で使用した際、設定されている Data API のエンドポイント URL が HTTPS ではない場合に、サインインできない問題が確認されています。
現在、この問題に対応したバージョン 1.0.1 の申請を行う準備をしています。Movable Type for iOS のアップデート前に iOS9 へのアップデートを行われた場合は、Movable Type が稼働しているサーバーで HTTPS 通信を有効にしていただき、Data API のエンドポイント URL を HTTPS にしてご利用ください。
なお、Movable Type クラウド版では、管理画面ならびに Data API への HTTPS 通信があらかじめ用意されていますので、Movable Type for iOS をそのままご利用いただけます。